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但是从另一个角度看，当时的药管局属于行业管理部门，而卫生部药政局是监管机构，以药管局为主导的这次改革，有些类似于“交警队”被“运输公司”合并了一样。而且，机构改革也必然伴随着人员的调整，新组建的药监局由时任药管局局长的郑筱萸担任，卫生部药政局局长邵明立任副局长。
药企出身的郑筱萸出任药监局局长后，药监系统难免形成了以原药管局官员为主的格局。一位退休的药监局官员说，在很多省份，一般是当地医药公司的总经理出任地方药监局局长。
药监局官员浓厚的企业背景造成的结果是，往往不是从监管角度出发，而是从行业发展的角度出发。郑筱萸上任之后即以“铁腕”手段强制推行GMP认证，规定自2004年7月1日起，凡未能取得认证的企业，将一律不准进行药品生产。在中国药品生产水平普遍比较落后的背景下，GMP认证无疑具有进步意义。
据了解，当初每家获得GMP认证的药厂，包括硬件改造与运作费用在内平均费用约3000万元，这成为企业的一个较大负担，加之时间紧迫，许多企业只能通过“公关”来搞定GMP认证。因为某些地方药监局官员来自医药公司，与药厂有着一定的渊源，使得一些“公关”很容易搞定。
GMP认证成了“走形式”，“齐二药”“欣弗”和“佰易”都是经过了GMP认证的企业，这些问题药品依然堂而皇之地流入市场，造成了震惊全国的伪劣药品事件。从监管体制设计的角度看，这都是当时埋下的隐患。
理顺监管体制是关键
对于10年之后的“回归”，药监局局长邵明立高调赞同，他说，医药合并的“大卫生部”制改革，理顺了药品监管体制，对药品的监督管理可以统一覆盖到药品流通的各个环节中，不至于出现此前药监局、卫生部各管一段的混乱局面。
之前的矛盾在于，原来的药监局负责药品科研、生产、流通、使用四个环节的监管工作。但是80%的药品用量都来自医疗机构，而医疗机构隶属于卫生部管理。因此，药监局以住在药品使用环节上的监管作用非常有限。
“这次医药合并可以避免许多弊病，比如药品使用或鉴定环节监管不协调等问题。”全国政协委员、天津市中医药研究院院长张大宁表示，原来“药品不良反应”是药监局负责管理，但由于缺乏与卫生部主管的医院的协调、申报机制，药监局经常获得此类信息较晚或者信息不完整。
广东省人民医院院长林曙光也表达了同样的观点，他说，如果不是中山三院在临床中及时发现“齐二药”假药的不良反应，这批假药造成的后果将不堪设想。药监和卫生部门相结合，便于药品副作用问题的及时反馈和应对，这将大大提高发现和处理药品监管工作的效率。
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